Die Abteilung Betrieb BER II besteht aus 35 Vollzeitstellen, die mit 37 Personen besetzt sind. Diese sind wie im anliegenden Organigramm dargestellt organisiert. Dort sind allerdings nur die Hauptaufgabengebiete der einzelnen Mitarbeiter dargestellt. Um eine hohe Flexibilität zu behalten, werden die Mitarbeiter je nach Bedarf und Fähigkeiten auch für andere Aufgaben herangezogen. Für den Betrieb und insbesondere bei Störungen an der Reaktoranlage ist außerdem eine klare Hierachie notwendig. Diese lässt sich kurz folgendermaßen zusammenfassen: Eine Reaktorschicht besteht aus drei Personen mit der hierarchischen Einordnung, Schichtleiter, ersten Operateur als stellvertretenden Schichtleiter und zweiter Operateur. Der Schichtmannschaft gegenüber ist die sogenannte Reaktoraufsicht weisungsbefugt. Diese wiederum untersteht dem Reaktorleiter bzw. seiner Stellvertreterin.
Diese Hierarchie gilt auch bei Reaktorstillstand, also insbesondere in den sogenannten Wartungswochen. Dann werden die anfallenden Arbeiten allerdings durch den Betriebsingenieur bzw. seinen Stellvertreter fachlich angeordnet und überwacht. Sie müssen jedoch vor Ausführung durch die Reaktoraufsicht und den diensthabenden Schichtleiter, ggf. auch durch die Abteilung Strahlenschutz, freigegeben werden. Insofern liegt auch dann die Letztverantwortung bei der Reaktoraufsicht und natürlich beim Reaktorleiter.