Das HMI wurde 1959 in Wannsee gegründet, damals als Hahn-Meitner-Institut für Kernforschung. Von Beginn an gab es eine enge Verzahnung mit den Westberliner Universitäten. Diese haben die Richtung, in die sich das HMI entwickelt hat, maßgeblich mitbestimmt. Die Abteilungsleitungen waren immer mit Professuren an den Universitäten verbunden.
Kernstück des Forschungszentrums war der „Berliner Experimentier-Reaktor“, BER I. Er ging am 24. Juli 1958 mit einer Leistung von 50 Kilowatt in Betrieb, also bereits ein Jahr vor Gründung des HMI. Der BER I diente noch der klassischen Kernchemie. Das heißt, man wollte Erkenntnisse über den chemischen und physikalischen Aufbau und das Verhalten von Atomkernen gewinnen. In einem ersten Forschungsschwerpunkt wurden zum Beispiel die Reaktionsprodukte spaltbarer Substanzen untersucht. Außerdem erforschte man Strahlungseffekte.
Neben dem Reaktor gab es am HMI seit den sechziger Jahren auch einen Teilchenbeschleuniger. Er war das zentrale Gerät der Kernphysik. Zwei Großgeräte kosten allerdings viel Geld, was dazu führte, dass das ursprünglich landeseigene Institut in eine gemeinschaftsfinanzierte Gesellschaft umgewandelt wurde mit 90 Prozent Bundesbeteiligung und 10 Prozent Beteiligung des Landes Berlin. Diese Rechtsform einer GmbH mit Bund und Land als Gesellschaftern besteht seit 1971 für das HMI und hat bis heute Gültigkeit, nun auch für das neue HZB.
Der BER I wurde 1971 stillgelegt. Gleichzeitig begannen die Arbeiten am neuen Forschungsreaktor BER II, der mit einer Leistung von 5 Megawatt am 9. Dezember 1973 in Betrieb genommen wurde.
In dieser Zeit kam es zu weiteren Veränderungen und Neuerungen am HMI:
Mit dem neuen und veränderten Aufgabenspektrum des HMI ging 1986 auch die Umbennung des Instituts einher. Aus dem Hahn-Meitner-Institut für Kernforschung wurde das Hahn-Meitner-Institut Berlin.
Im April 1991 ging der Forschungsreaktor BER II nach jahrelangem Umbau und einer Leistungerhöhung auf 10 Megawatt erneut in Betrieb. Mit der Leistungserhöhung des Forschungsreaktors standen dem HMI nun auch neue Möglichkeiten der internationalen Kooperation offen. Aufgrund des erwarteten Gästeandrangs wurde 1993 das BENSC (Berlin Neutron Scattering Center) gegründet, das fortan den Nutzerbetrieb für die Neutronenstreuung regelte. 70 Prozent der Betriebszeit des Forschungsreaktors und damit an den Messeinrichtungen stehen seitdem auswärtigen Nutzern ständig zur Verfügung.
Daneben gab es mit Beginn der 1990er Jahre auch andere wichtige Entwicklungen am Institut:
Ab 2007 gingen die Fusionsverhandlungen zwischen BESSY und dem HMI in ihre letzte intensive Phase, bevor es schließlich zu Beginn des Jahres 2009 zum Zusammenschluss beider Unternehmen zum gemeinsamen Helmholtz Zentrum Berlin für Materialien und Energie (HZB) kam.
Veröffentlichung der Texte im Internet mit freundlicher Genehmigung durch den Harri Deutsch Verlag aus dem
Fachlexikon abc Forscher und Erfinder / [Hrsg.: Hans-Ludwig Wussing ...]. - Thun; Frankfurt am Main: Deutsch, 1992
ISBN 3-8171-1258-0