Software-Ausstattung
Als Betriebssystem wird auf dem Steuerrechner dirac-meister und den Rechenknoten OpenSUSE Linux 13.1 (64 Bit) eingesetzt.
Programmiersprachen und -Umgebungen
Für die Programmentwicklung sind Compiler für die gängigen Programmiersprachen
- FORTRAN
- C
- C++
- Java
von unterschiedlichen Herstellern vorhanden:
- die GNU-Compiler Suite (4.8.1) gcc, g++, gcj und gfortran
- die Intel-Compiler (15.0.4) für C icc, C++ icpc und FORTRAN ifort mit dem grafischen Debugger idb und den Intel Math Kernel Libraries MKL (enthält BLAS und Teile von LAPACK)
Parallel-Umgebungen
Als für Cluster geeignete Laufzeitumgebungen sind die Parallel-Umgebungen
- openMPI 1.8.8 für GNU- und Intel-Compiler mit oder ohne RDMA-Unterstützung
installiert.
Alle Programme sind nach der Anmeldung auf dirac verfügbar. Die Parallel-Umgebungen werden durch Initialisierungsskripte fallweise ausgewählt.
Spezielle Programmpakete
Direkt verfügbar durch Installation in /opt sind außerdem die Programmpakete
- Crystal14
CRYSTAL is a general-purpose program for the study of crystalline solids, and the first which has been distributed publicly. - GROMACS 5.1.2 mit RDMA-Unterstützung
A molecular dynamics package primarily designed for biomolecular systems such as proteins and lipids. It is a free software.
Zustandsanzeige
Der Betrieb auf den Rechenknoten wird durch das Batch-System Open Grid Scheduler/Grid Engine gesteuert.
Der Zustand des Clusters kann über die Adresse
http://dirac-meister.basisit.de/ganglia/?c=dirac
im Intranet aktuell und retrospektiv betrachtet werden.
Verfügbarkeit anderer, übers Netz erreichbarer Software
Auf den Rechenknoten ist nur die in /opt cluster-lokal installierte Software verfügbar, sowie alles unter /home. Programme mit einem Pfad beginnend mit /net/ also nicht! Nur auf dirac-meister, aber nicht den Rechenknoten sind die zentralen NFS-Verzeichnisse wie
- zentrale Heimatverzeichnisse /net/home,
- zentrale Zwischenablage /net/temp,
- zentrale Gruppenverzeichnisse /net/group,
- lokale Verzeichnisse der Arbeitsplatzrechner /chmi/Rechnername)
verfügbar, der Steuerrechner dirac-meister kann deshalb als Gateway für Daten benutzt werden.