Software-Ausstattung

Als Betriebssystem wird auf dem Steuerrechner dirac-meister und den Rechenknoten OpenSUSE Linux 13.1 (64 Bit) eingesetzt.

Programmiersprachen und -Umgebungen

Für die Programmentwicklung sind Compiler für die gängigen Programmiersprachen

  • FORTRAN
  • C
  • C++
  • Java

von unterschiedlichen Herstellern vorhanden:

  • die GNU-Compiler Suite (4.8.1) gcc, g++, gcj und gfortran
  • die Intel-Compiler (15.0.4) für C icc, C++ icpc und FORTRAN ifort mit dem grafischen Debugger idb und den Intel Math Kernel Libraries MKL (enthält BLAS und Teile von LAPACK)

Parallel-Umgebungen

Als für Cluster geeignete Laufzeitumgebungen sind die Parallel-Umgebungen

  • openMPI 1.8.8 für GNU- und Intel-Compiler mit oder ohne RDMA-Unterstützung

installiert.

Alle Programme sind nach der Anmeldung auf dirac verfügbar. Die Parallel-Umgebungen werden durch Initialisierungsskripte fallweise ausgewählt.

Spezielle Programmpakete

Direkt verfügbar durch Installation in /opt sind außerdem die Programmpakete

  • Crystal14
    CRYSTAL is a general-purpose program for the study of crystalline solids, and the first which has been distributed publicly.

  • GROMACS 5.1.2 mit RDMA-Unterstützung
    A molecular dynamics package primarily designed for biomolecular systems such as proteins and lipids. It is a free software.

Zustandsanzeige

Der Betrieb auf den Rechenknoten wird durch das Batch-System Open Grid Scheduler/Grid Engine gesteuert.

Der Zustand des Clusters kann über die Adresse

http://dirac-meister.basisit.de/ganglia/?c=dirac

im Intranet aktuell und retrospektiv betrachtet werden.

Verfügbarkeit anderer, übers Netz erreichbarer Software

Auf den Rechenknoten ist nur die in /opt cluster-lokal installierte Software verfügbar, sowie alles unter /home. Programme mit einem Pfad beginnend mit /net/ also nicht! Nur auf dirac-meister, aber nicht den Rechenknoten sind die zentralen NFS-Verzeichnisse wie

  • zentrale Heimatverzeichnisse /net/home,
  • zentrale Zwischenablage /net/temp,
  • zentrale Gruppenverzeichnisse /net/group,
  • lokale Verzeichnisse der Arbeitsplatzrechner /chmi/Rechnername)

verfügbar, der Steuerrechner dirac-master kann deshalb als Gateway für Daten benutzt werden.